本重点实验室根据5个研究方向，相应设置了10个研究室
（1）洞庭湖水资源高效利用研究室
（2）洞庭湖湖砂资源可持续利用研究室
（3）受污染水体修复研究室
（4）洞庭湖区域综合规划研究室
（5）水环境检测分析中心
（6）智能传感器研发室
（7）防灾减灾研究室
（8）智慧水利研究室
（9）大数据中心
（10）智慧洞庭展示中心
